系所歷史與沿革
本系為南台灣第一個純以資訊及計算機工程為重心的高級學術單位， 於民國七十六年八月成立碩士班，八十一年八月成立博士班， 於八十六年八月成立大學部，九十一年八月擴增大學部為兩班， 並於九十五學年度再增設醫學資訊研究所，一百年八月製造資訊與系統研究所整合至本系，以一系三所之模式進行。
為因應國內高科技產業人力需求， 每位教授及研究生均積極參與國內外學術活動，並在高水準的期刊及會議上發表研究成果， 並有多位教授獲得學術榮譽如國科會傑出研究獎等獎項。
歷任所長
- 孔令洋教授 (1987.8 -- 1990.7)
- 王駿發教授 (1990.8 -- 1996.7)
- 孫永年教授 (1996.8 -- 1997.7)
歷任系主任
- 孫永年教授 (1997.8 -- 1999.7)
- 吳宗憲教授 (1999.8 -- 2002.7)
- 朱治平教授 (2002.8 -- 2005.7)
- 李 強教授 (2005.8 -- 2006.7)
- 黃崇明教授 (2006.8 -- 2009.7)
- 鄭憲宗教授 (2009.8 -- 2012.7)
- 陳培殷教授 (2012.8 -- 2015.7)
- 謝孫源教授 (2015.8 -- 2017.8)
- 高宏宇教授 (2017.8 -- 2021.1)
- 張燕光教授 (2021.2 -- 迄今)
發展方向
第一波的資訊科技在二十世紀末達到最高點，並在網際網路泡沫幻滅後的二十一世紀初揭開第二波資訊科技的序幕。 第二波的資訊科技重點在哪？ 搜尋技術和引擎 ？ 無所不在的計算和通訊 ？ 嵌入式系統 ？ 生物及醫學資訊 ？ 無人可知無人可曉。為因應此第二波資訊科技的發展， 本系/所將致力於培育新一代資訊科技人才、積極研究和開發電腦軟/硬體及資 訊應用相關技術， 結合國內產官學研之各項資源，並與國際接軌，提升國內之產業技術， 並在政府「五年五百億邁向頂尖大學」計畫的資助下，邁向國際一流資訊工程系所。 本系/所中長程發展計畫分三方面說明:
一、教學方面
主要發展重點在於
- 提升授課品質，符合並取得 IEET 和 華盛頓公約 的大學工程教育認證。
- 加強師資陣容，提高學生專業領域的深度和廣度。
- 充實教學研究設備，滿足師生教學研究所需。
- 修建系館教學和研究空間，提供優良學習環境。
為提升南台灣地區資訊人才質與量的競爭力，本系將責無旁貸的擔負起此火車頭的責任。 因此預計在五年內大學部由二班增至三班，學生總數將達一千人； 而師資方面，亦將師資員額增聘至40名以上；而在空間方面，在五年內將完成新系館的增建， 以供應新增的大學部教學教室、實驗室、研究生實驗室及新聘教師的辦公室等空間使用。 由此建立中/南台灣最佳及最具規模之資訊工程教育環境。
二、研究方面
主要發展重點在於
- 加強學術研究能力、提昇研究水準。
- 積極爭取產官學合作研究計畫，提昇師生研究能力及系譽。
- 配合南科，提供資訊技術支援及培育產業高級技術人才。
- 加強學術研究能力、提昇研究水準。
本系所的研究發展廣佈於資訊工程的主要研究， 包含積體電路電腦輔助設計、資訊安全、計算機系統、人工智慧、電腦網路、 多媒體系統、軟體工程+物件導向 系統、分散式系統+作業系統設計、編譯系統、 資料庫系統、語音處理、影像與圖像技術。在這些領域中均深受肯定，成效良好。
三、國際化方面
主要發展重點在於：
- 積極參與及主辦國際學術會議，加強國際交流，提昇國際地位。
- 爭取美、歐、日國際學術合作計畫及與 國際一流電子資訊公司 之國際產學合作計畫。
- 聘請國外學者專家到本系/所進行短期講學，獲取最先進的資訊科技新知和潮流。
- 實施英語授課，增加學生國際競爭力。
- 招收外籍學生至本系就讀，提昇本系國際知名度。
教育目標
教育目標1: 教育學生基礎專業知識及終身學習之能力
- 畢業生應具備基礎專業數學及資訊理論知識之基本能力
- 畢業生應具備理論推導及實驗數據分析歸納之能力
- 畢業生應具備終身學習之能力
教育目標2: 教育學生運用專業知識解決資訊應用問題之能力
- 畢業生應具備發掘、分析及解決資訊應用問題之能力
- 畢業生應具備資訊工程設計、創新、測試及驗證之能力
- 畢業生應具備系統整合之能力
教育目標3: 教育學生優質團隊合作之能力
- 畢業生應具備科技人文素養及資訊工程倫理之精神
- 畢業生應具備良好溝通技巧及國際觀
- 畢業生應具備負責之工作態度及團隊合作之能力